流感病毒以其核衣壳和包膜基质蛋白为基础，可以分为A、B和C三个抗原型，从鸟类分离到的流感病毒均属A型。在同一型内，随着血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）两种糖蛋白的变异性，又可分为许多亚型。到目前为止，从人和各种动物分离到的流感病毒有16种不同的HA亚型，10种不同的NA亚型。由于HA和NA的抗原性变异是相互独立的，二者的不同组合又构成更多的病毒抗原亚型。由于流感病毒基因组的易变性，即使是HA和NA亚型相同的毒株，也可能在抗原性、致病性及其它生物学特性上有着程度不同的差异。